Chủng tử là hạt mầm của đời sống, là nguồn năng lượng đơn vị cấu thành nghiệp lực, là yếu tốsâu kín và căn bản quyết định sự hình thành cái ‘Ta’ (Ngã) và những cái của Ta (Ngã Sở), là nguyên nhân của mọi hoàn cảnh gặp được trong đời, là đầu mối của hạnh phúc và khổ đau trong hiện tại và dẫn dắt vào vị lai, đời này và đời sau. Soi rọi dưới lăng kính Duy Thức Học cùng vòng chuỗi Mười Hai Nhân Duyên (1.Vô Minh, 2. Hành, 3. Thức, 4. Danh Sắc, 5. Lục Nhập, 6. Xúc, 7. Thọ, 8. Ái, 9. Thủ, 10. Hữu, 11. Sanh, 12. Lão Tử) ta có thể rút ra một số nhận định về tiến trình hình thành chủng tử.
Có thể xem ‘Vô Minh’ (mắt xích thứ nhất của vòng chuỗi Mười Hai Nhân Duyên) là yếu tố căn bảntrong sự hình thành tất cả các mắt xích còn lại. Từ ‘Vô Minh’ (thường được gọi là Bất Giác), chúng ta sẽ có động niệm. Từ niệm bị động, ‘Hành’ (mắt xích thứ hai của vòng chuỗi, ‘Hành’ là chùm niệm tưởng được kết nối liền lạc) được sinh khởi và phát triển tạo thành ‘Thức’ (mắt xích thứ ba của vòng chuỗi). ‘Thức’ khi bắt đầu một đời sống mới, phối hợp cùng tinh cha - huyết mẹ, sẽ tạo nên Danh Sắc (mắt xích thứ tư của vòng chuỗi Mười Hai Nhân Duyên, Danh Sắc chính là con người mỗi chúng ta bao gồm cả thân và tâm: Danh là tâm bao gồmThọ, Tưởng, Hành, và Thức; Sắc là thân) và phát triển ra ‘Lục Nhập’ (mắt xích thứ năm của vòng chuỗi) chính là sáu giác quan: Mắt, Tai, Mũi, Lưỡi, Thân, và Ý.
Bắt đầu từ nơi năm căn của chúng ta (nhãn, nhĩ, tỷ, thiệt, thân; còn được gọi là ‘Tiền Ngũ Thức’ theo Duy Thức Học) được xem như là năm cánh cửa trổ ra từ ngôi nhà Chân Tâm để tiếp xúc và đón nhận trần cảnh, thế giới bên ngoài vốn được phân biệt ra năm thứ gọi là năm trần (sắc, thanh, hương, vị, xúc ) nên khiến phát sinh niệm khởi. Thí dụ như nơi mắt thấy được cảnh (trời đất, núi sông, rừng cây, hoa lá, con người, con vật, hay các vật thể khác) với đủ loại hình dáng (vuông - tròn- trơn láng - sần sùi...), kích thước (rộng to - nhỏ hẹp), màu sắc (xanh – vàng - đỏ - trắng - đen..), nơi tai nghe được âm thanh với đủ loại âm sắc (trầm - bổng), âm lượng (lớn - nhỏ), nơi mũi ngửi được mùi với đủ loại thơm - hôi - nồng - nhạt, nơi lưỡi nếm được vị với đủ thứ ngọt – bùi – chua – cay - đắng -nồng - nhạt, nơi thân nhận biết được đủ loại cảm giác (nóng - lạnh - trơn – rít - đau - khoái..). Đây là giai đoạn ‘Xúc’, mắt xích thứ sáu của vòng ‘Mười Hai Nhân Duyên’. Đây cũng thường được gọi là giai đoạn ‘Sơ Niệm’ trong nhà Thiền. Ở giai đoạn này, chúng ta chỉ mới có trực giác, chưa có phát sinh Ý phân biệt, tức là chưa có các Thọ Uẩn, Tưởng Uẩn, Hành Uẩn, và Thức Uẩn. Nơi đây, chúng ta đã có sự phân biệt nhưng sự phân biệt rất hồn nhiên, chưa có đủ độ đậm đặc để kết tụ thành ‘Uẩn’ (‘Uẩn’ là tích tụ, bồi đắp gọi tên theo bản chất của tiến trình hình thành; nó còn được gọi là ‘Ấm’ tức là ‘che đậy, làm cho bị khuất lấp , gọi tên theo dụng năng của nó là làm che khuất Chân Tâm). Đây có phải là điều ngài Huyền Giác đã đề cập đến khi ngài đến tham vấn Lục Tổ?
‘...Tổ nói: ‘Đại đức đã rõ được cái ý ‘Vô Sanh’.
Ngài Huyền Giác bạch: ‘Đã ‘Vô Sanh’ sao rằng có ý?’.
Tổ nói: ‘Nếu không ý, lấy chi phân biệt?’
Ngài Huyền Giác bạch: ‘Phân biệt cũng chẳng phải ý’.
Tổ khen: ‘Lành thay !...’ (Pháp Bảo Đàn Kinh, phẩm Cơ Duyên).
Tuy nhiên, tâm thức con người bình thường ít ai có thể dừng ở giai đoạn tiếp xúcthuần túy này. Qua tiếp xúc giữa căn và cảnh, tâm thức chúng ta ở nơi mỗi căn sẽ bị cảnh trần lôi cuốn, níu kéo để khiến khởi lên một loạt các tưởng niệm phân biệt dần dà bồi đắp và đúc kết thành nghiệp thức mang tính cách đặc sắc, chuyên biệt cho từng cá nhân. Đây là giai đoạn bắt đầu hình thành và phát triển ‘Sở Niệm’. Hai từ ngữ ‘Sơ’ (của ‘Sơ Niệm’) và ‘Sở’ (của ‘Sở Niệm’) chỉ khác nhau ở nơi có dấu hỏi hay không có dấu hỏi, đã đánh dấu sự vận hành và chuyển biến của tâm thức, một sự chuyển biến có tính cách tha hương, ‘vong thân’. Như nếu ta thích màu xanh, ghét màu đỏ; ta sẽ dễ có sự vui vẻ, hớn hở khi gặp được màu xanh; và ngược lại, ta sẽ trở nên dễ cau có, bực bội khi gặp phải màu đỏ. Sự vui buồn theo màu sắc đã khiến Chân Tâm thanh tịnh, trong sáng thường hằng bị chao động, nhuốm màu mờ tối để biến thành tình thức xốc nổi, sanh diệt ...Đây là giai đoạn xuất hiện, hình thành của ‘Thọ’ và ‘Ái’, mắt xích thứ bảy và thứ tám của vòng ‘Mười Hai Nhân Duyên’. Đây cũng là ‘Thọ Uẩn’, nhân tố quan trọng đầu tiên trong tiến trình hình thành Chủng Tử. ‘Thọ’ quan trọng nhất, có sức mạnh chi phối nhiều nhất, cơ bản nhất (bản năng tiềm tàng) nơi mỗi con người chúng ta chính là ‘Lạc Thọ’ phát sinh từ sự xúc tiếp giới tính. Lạc thọ này được xem là mệnh lệnh thầm kín, khắc nghiệt của tự nhiên để duy trì, phát triển nòi giống nơi cõi Dục Giới.
Sau khi được hình thành, Thọ Uẩn sẽ nhanh chóng phát triển nên Tưởng Uẩn, Hành Uẩn, và Thức Uẩn tương ứng với giai đoạn ‘Thủ’ và giai đoạn ‘Hữu’, mắt xích thứ chín và mắt xích thứ mười của vòng ‘Mười Hai Nhân Duyên’. Đến đây, các loại chủng tử được hình thành. Trở lại thí dụ trên người thích màu xanh và gặp được một đóa hoa xanh, một loạt tưởng niệm sẽ được khởi lên nơi tâm thức như sau: (1) Ô kìa! một đóa hoa đẹp! (Đây là ‘Thọ’ phát sinh) (2) Hoa tên gì? Hoa này của ai, ở đâu mà có? (Tưởng Uẩn, Hành Uẩn, Thức Uẩn hiện khởi) (3) Hoa đẹp quá, nhìn ngắm hoa thích quá! Ta yêu hoa quá!(Đây là ‘Ái’ phát sinh) (4) Cần phải chiếm giữ nó (Đây là ‘Thủ’ phát sinh) (5) Tận hưởng và sống cùng với nó (Đây là giai đoạn ‘Hữu’ phát sinh) ... Vậy có thể thấy từ sự xúc chạm của hai pháp vô ngôn là đóa hoa và ánh (mắt) nhìn đã khiến tự động trỗi lên vô vàn ngữ ngôn thầm lặng nơi tâm thứcchúng ta; ‘Sơ Niệm’ là pháp vô sự nhưng chỉ một niệm bất giác đã trở nên ‘Sở Niệm’ với biết bao đa đoan của cuộc vay trả - trả vay. Chủng tử được hình thành sẽ được Mạt Na Thức(còn được gọi là Truyền Tống Thức, thức thứ bảy của Bát Thức Tâm Vương) đem cất vào kho tàng chủng tử là A Lại Da Thức (còn được gọi là Tàng Thức, thức thứ tám của Bát Thức Tâm Vương). Sau đó, khi có đủ duyên, chủng tử sẽ phát khởi sự sanh và diệt mới được gọi là ‘Sanh’ và ‘Lão Tử’ (mắt xích thứ mười một và mười hai của vòng chuỗi Mười Hai Nhân Duyên).